Руководитель - Афанасенко Ольга Сильвестровна,

     доктор биологических наук, академик РАН,

     тел.: (812) 470-43-84, доб. 212, 

     e-mail: plantresistance@vizr.spb.ru 

     Сотрудники лаборатории - CV, контактные данные, основные публикации

ДЕЯТЕЛЬНОСТЬ  

Основные направления научных исследований: 

• Механизмы изменчивости популяций фитопатогенных бактерий, грибов, оомицетов и паразитических нематод
• Генетическое разнообразие устойчивости зерновых культур и картофеля к болезням
• Генетика взаимоотношений в системе паразит-хозяин
• Ассоциативное картирование (GWAS) и картирование в дигаплоидных популяциях генов устойчивости ячменя к гемибиотрофным патогенам.
• Разработка и использование молекулярных маркеров для выявления генов качественной и количественной устойчивости пшеницы и ячменя к облигатным и гемибиотрофным патогенам.
• Биотехнология создания исходного материала для селекции ячменя на устойчивость к болезням.
• Молекулярная диагностика болезней зерновых культур
• Устойчивость и генетическая детерминация устойчивости картофеля к болезням, в том числе и  карантинным.
• Мониторинг и диагностика грибных, оомицетных, бактериальных, вирусных и вироидных болезней картофеля.

Основные объекты научных исследований: 

• Пшеница: Pyrenophora tritici-repentis, Puccinia graminis
• Ячмень: Pyrenophora teres f. teres, P. teres f. maculata, Cochliobolus sativus, Ramularia collo-cygni, Puccinia graminis
• Картофель: Phytophtora infestans, Synchitrium endobioticum, Globodera rostochiensis, G. pallida,  вирусные и вироидные болезни

Исследования на договорной основе: 

• Оценка устойчивости сортов и образцов пшеницы и ячменя к болезням
• Оценка  устойчивости  картофеля к карантинным болезням
• Молекулярная диагностика возбудителя рака картофеля в почвенных образцах
• Молекулярная диагностика золотистой и бледной картофельных нематод  в почвенных образцах и растительном материале                 
• Создание дигаплоидных линий ячменя методом культуры пыльников
• Определение в сортах, коллекционных образцах и селекционном материале пшеницы известных генов устойчивости к возбудителям бурой и стеблевой ржавчины методами ПЦР  со специфическими праймерами

Также в лаборатории: 

• Работает школа по использованию молекулярных маркеров в селекции растений
• Проводят стажировки по диагностике болезней, и современным методам изучения взаимоотношений в системе паразит-хозяин.

Текущие проекты: 

Грант РНФ № 16-16-04073 Генетические маркеры хозяйственно-ценных признаков картофеля совместно с ИЦиГ СО РАН (Новосибирск). Руководитель чл.-корр. РАН А. В. Кочетов (ИЦиГ СО РАН), основной исполнитель от ВИЗР акад. РАН О. С. Афанасенко.  

Проект посвящен исследованию механизмов генетического контроля хозяйственно-ценных признаков картофеля, связанных с устойчивостью к фитопатогенам, а также с продуктивностью, сроком спелости и товарным видом. Проект носит интеграционный характер, коллектив исследователей включает специалистов в области генетического разнообразия картофеля (ВИР РАН), фитопатологии (ВИЗР РАН) и молекулярной генетики (ИЦиГ СО РАН).  

Грант РНФ № 20-46-07001 международный (ВИЗР-NARO, Япония). Молекулярно-генетические механизмы взаимоотношений в патосистеме Solanum spp. - вироид веретеновидности клубней картофеля (PSTVd) и особенности эпидемиологии болезни. Руководитель акад. О. С. Афанасенко.Планируется  комплексное междисциплинарное исследование, в задачи которого входят изучение молекулярно-генетических механизмов изменчивости вироида веретеновидности клубней (PSTVd), транскриптомный анализ взаимоотношений в патосистеме Solanum spp. - PSTVd,  определение толерантности современных сортов картофеля и особенностей эпидемиологии болезни (трансмиссия, репликация).   

РФФИ № 20-516-00007 Бел_а Разработка маркер ориентированной селекции на устойчивость к возбудителю сетчатой пятнистости ячменя  Руководитель акад. О. С. Афанасенко.

Задачей проекта является разработка удобных для селекции молекулярных маркеров (ММ) новых и известных эффективных в условиях России и Беларуси «главных» генов устойчивости и локусов количественной устойчивости (QTL) к Pyrenophora teres f. teres и обоснование их использования для генетической защиты от болезни. Работа базируется на результатах, полученных в ходе выполнения проектов РФФИ № 15-54-12365 ННИО_а и № 14-04-00400 (Novokazi et al., 2019; Dinglasan et al., 2019).  

РФФИ № 18-04-00128  Генетические механизмы сохранения и распространения в природных популяциях Pyrenophora tritici-repentis «чужеродной» транслокации гена эффектора ТохА. Руководитель д.б.н. Н. В. Мироненко 

Проект посвящен определению механизмов распространения изолятов Pyrenophora tritici-repentis, несущих гены основных факторов патогенности ToxA и ToxB, при расширении ареала популяции на север РФ. Фундаментальной научной проблемой являются механизмы расообразования и адаптационной изменчивости в популяциях патогенов растений при освоении новой экологической ниши. Впервые будет проверена гипотеза о дополнительных биологических функциях генов ToxA и ToxB, кроме патогенности, влияющих на жизнеспособность изолятов гриба  

РФФИ № 18-016-00170 А Увеличение генетического разнообразия селекционного материала по генам устойчивости к ржавчинным грибам на основе интрогрессивных линий мягкой пшеницы с чужеродными транслокациями. Руководитель к.б.н. О. А. Баранова 

Основная задача проекта - повышение устойчивости мягкой пшеницы к ржавчинным грибам (в том числе к расе стеблевой ржавчины Ug99) за счет увеличения генетического разнообразия селекционного материала по генам устойчивости. В рамках проекта  проводятся междисциплинарные комплексные исследования, направленные на обеспечение генетической защиты пшеницы Поволжья от стеблевой и бурой ржавчины в условиях меняющегося климата. В проекте реализуются несколько направлений исследований: изучение популяций возбудителей бурой и стеблевой ржавчины по признаку вирулентности, выявление опасных патотипов, способных преодолевать гены устойчивости, используемые в возделываемых сортах; анализ устойчивости в полевых и лабораторных условиях 136 интрогрессивных линий с чужеродным генетическим материалом от Triticum durum, T. dicoccum, T.kihara, T.persicum, T.timopheevii, T.compactum, Aegilops squarrosa, Ae. speltoides, Agropyron elongatum к Поволжским популяциям возбудителей бурой и стеблевой ржавчины; анализ устойчивости интрогрессивных линий к расе Ug99 (на базе Кенийского сельскохозяйственного исследовательского института (KARI)); молекулярная идентификация эффективных Sr и Lr генов, цитогенетическая характеристика устойчивых линий и определение их селекционной ценности по комплексу хозяйственно-полезных признаков. Такая стратегия позволит получить исходный материал для селекции, устойчивый к бурой и стеблевой ржавчине, в том числе к расе Ug99 и адаптированный для зоны Нижнего Поволжья. 

Недавно завершенные проекты 

РФФИ №15-54-12365ННИО_а международный РФФИ – DFG (Германия). Ассоциативное картирование генетических детерминант устойчивости к возбудителям сетчатой и темно-бурой пятнистостей в наборе образцов Hordeum vulgare из центров генетического разнообразия ячменя. Руководитель акад. Афанасенко О. С.  

Целью проекта являлось выявление генетического разнообразия устойчивости ячменя к широко распространенным и вредоносным гемибиотрофным патогенам - возбудителям сетчатой пятнистости (Pyrenophora teres f. teres) и темно-бурой пятнистости (Cochliobolus sativus) среди коллекционных образцов ячменя различного происхождения путем ассоциативного картирования (GWAS). Проведено фенотипирование по проростковой устойчивости 449 сортов и образцов ячменя к восьми изолятам P. teres f. teres: из России (Ленинградская обл. и Дальний Восток), Марокко, Чехии, Германии, Канады и Южной Африки, одному изоляту P. teres f. maculatа (Краснодарский край) и шести изолятам из России, Беларуси, Чехии, Германии и Канады в условиях JKI и ВИЗР, а также взрослой устойчивости в поле к P. teres f. teres в 2016 и 2017 г. в Белоруссии, в 2016 г. в Ленинградской обл., в 2015 и 2016 гг. в Квидлинбурге (Германия), к C. sativus в 2016 и 2017 гг. на опытном поле Пушкинских лабораторий ВИР. Проведено генотипирование коллекции из 450 линий ячменя с использованием технологии Illumina iSelect 9k Barley SNP Chip в Trait Genetics GmbH (Gatersleben, Германия). Использовали чип с 7864 SNP маркеров. Выявлено 254 существенных ассоциаций маркер – признак устойчивости, относящихся к 15 различным локусам на хромосомах ячменя - 3Н, 4Н, 5Н, 6Н и 7Н. Из них пять QTL были выявлены нами впервые. Семь QTL контролировали устойчивость, как взрослых растений, так и проростков. Идентифицировано 6 QTL достоверно ассоциированных с устойчивостью к C. sativus и 7 надежных маркер-признак устойчивости ассоциаций на хромосомах 1Н, 2Н, 3Н, 4Н, 5Н и 7Н. 6 идентифицированных нами локусов, контролирующих устойчивость к C. sativus были выявлены ранее, остальные 7 QTLs на хромосомах 2Н в позиции 15.5 и 71.6 сМ, 3Н – 14.9 сМ, 4Н – 95.3 сМ и 130.68 сМ, 5Н – 93.2 сМ и 7Н – 57.3 сМ и 71.3 сМ идентифицированы нами впервые.

РФФИ № 14-04-90039Бел_а Молекулярно-генетическая структура популяций Pyrenophora teres из Беларуси и Северо-запада Европейской части России. Руководитель акад. Афанасенко О.С. По результатам проекта сделаны следующие выводы:

1. Выявлены существенные различия между популяциями P. teres f. teres из Беларуси и Северо-запада РФ по вирулентности к отдельным сортам дифференциаторам, по расовому составу и по показателю сходства популяций в оба года исследований. Различия между популяциями из Беларуси и Северо-запада РФ по молекулярным маркерам в оба года исследований были небольшие, но существенные. Значения суммарного показателя Fst: в 2014 г Fst=0.08, в 2015 - Fst=0.11. Эти значения, а также различия в вирулентности популяций возбудителя могут свидетельствовать об отсутствии или наличии слабого потока генов между популяциями.

2. Источники устойчивости из коллекции ВИЗР к-25274, к-18716, к-25283, к-9305, к-25284, к-21272, к-21849 - эффективны против белорусской популяции P. teres f. teres (100% изолятов в изученной выборке были авирулентны к этим образцам); эти же образцы, кроме к-21849 (10,0% вирулентных изолятов) могут быть использованы в качестве источников устойчивости в условиях Северо-запада РФ.

3. Популяции P. teres f. teres, собранные в одних и тех же районах, но в разные годы (2014 и 2015), как из Беларуси, так и Северо-запада РФ отличались по вирулентности и молекулярной структуре: популяции 2015 года отличались меньшей изменчивостью по признаку вирулентности по сравнению с популяциями 2014 года; для белорусских популяций 2014 и 2015 гг (ZH-14 и ZH-15) Fst=0.31, для северо-западных популяций 2014 и 2015 гг (V-14 и V-15) Fst=0.21. Такие различия могут быть связаны со значительным уменьшением численности популяций в 2015 г. по сравнению с 2014 г.
4. В оба года исследований российские популяции характеризовались большей изменчивостью по расовому составу, чем белорусские. В 2015 году российская популяция (V-15) также характеризовались большей изменчивостью по микросателлитным маркерам, чем белорусская (Zh-15). В целом, популяции 2015 года отличались меньшим аллельным разнообразием по сравнению с популяциями 2014 года.
5. Для выявления роли половой рекомбинации в популяциях патогена проведен анализ типов спаривания изолятов P. teres f. teres в ПЦР с праймерами, специфичными к локусам типов спаривания PTT и PTM - MAT1-1 и MAT1-2. По соотношению изолятов с различным типом спаривания показано, что три исследованные популяции из Беларуси и одна из Ленинградской обл. являются панмиксными. Две популяции из Новгородской и Псковской областей являются клоновыми.
6. Впервые на территории Беларуси (Брестская обл.) на интродуцированных из Западной Европы сортах ячменя в 2014-2015 гг. выявлена spot- форма сетчатой пятнистости P. teres f. maculata. Проведена микроскопическая и молекулярная диагностика c использованием специфичных праймеров на f. teres и f. maculatа. В природных популяциях Северо-запада России среди исследованных изолятов эта форма не выявлена.
7. Впервые показана роль половой рекомбинации в жизненном цикле гетероталличного гриба P.teres f. maculatа. Распределение изолятов с идиоморфами типа спаривания MAT1-1 и MAT1-2 в белорусской популяции, собранной со смеси сортов озимого ячменя соответствует 1:1 (?2= 0,0), что свидетельствует о наличии полового процесса и участии процессов рекомбинации в генетической изменчивости популяции. Популяция P.teres f. maculatа с сорта ярового ячменя Kangoo оказалась клоновой, состоящей на 100% из изолятов одной идиоморфы MAT1-2, что позволяет предполагать, что некоторые генетические детерминанты у P. teres f. maculatа, ответственные за адаптацию к определенному генотипу растения-хозяина, могут быть сцеплены с локусом типа спаривания.

РФФИ № 14-04-00400 Идентификация генов, кодирующих устойчивость растений в патосистеме Hordeum vulgare - Pyrenophora teres f. Teres.  Руководитель акад. Афанасенко О.С. 

Целью исследований было идентифицировать и картировать ген(ы) устойчивости к P. teres f. teres в созданных нами дигаплоидных популяциях (ДП) CLS x Харрингтон и Har x Харрингтон.
Проведено фенотипирование по устойчивости 92 линий каждой ДП (всего 184 линии) к изолятам P. teres f. teres различного происхождения, как в фазе проростков, так и фазе взрослых растений в полевых условиях на провокационном фоне. Генотипирование ДП CLS x Харрингтон проведено в Квинслэндском Университете (Австралия), ДП Harbin x Харрингтон в Аделаидском Университете (Австралия) с использованием ДНК-чип технологии. Генотипировани проведено с использованием Barley GBS 1.0 platform: 8752 DArT-seq маркеров для ДП CLS и 8762 полиморфных DArT-seq маркеров для ДП Har.
Для ДП Har генетическая карта была сконструирована, с использованием версии 3.2 MultiPoint. Картирование было выполнено с использованием функции Kosambi. Группы сцепления были распределены по хромосомам и соотнесены с генетической, физической и функциональной картой генома референтной популяции ячменя SM6 Barke x Morex (Mayer et al. 2012). Предполагаемые QTL первоначально были картированы посредством регрессионного анализа, с последующим использованием метода интервального картирования.
Ассоциированные маркеры были соотнесены с регионом QTL в 5сМ на генетической карте Bowman.
«Главный» qNFNBHar-3H-1, детерминирующий устойчивость сорта Harbin к трем изолятам P. teres f. teres идентифицирован на коротком плече хромосомы 3Н в интервале 37.46-44.24 сМ: для изолята L7 позиция на генетической карте – 40.65 сМ, для изолята Рsk31 – 44.24 сМ и для изолята Bel1 - 37,46. Для белорусского изолята слабый эффект отмечен также на хромосоме 1Н (15.4 сМ). Для каждого изолята отмечен слабый эффект на коротком плече хромосомы 6H от сорта Harrington на расстоянии 4.82 сМ.
MFA проведенный для всех шести экспериментов позволил идентифицировать в ДП CLS 252 DArT-seq маркеров ассоциированных с устойчивостью к P. teres f. teres. Маркеры были сгруппированы в трех QTL регионах на хромосоме 3Н: один контролирующий проростковую устойчивость к изоляту Len7 (qNFNBСLS-3H-1), один, определяемый во всех пяти экспериментах (qNFNBCLS-3H-2) и один специфичный при контроле взрослой устойчивости (qNFNBCLS-3H-3). QTL qNFNBСLS-3H-1 был идентифицирован в интервале 36.7-37.5 cM, qNFNBCLS-3H-2 – в интервале 44.2-62.6 cM во всех пяти экспериментах и QTL qNFNBCLS-3H-3 был дистальным по отношению к qNFNBCLS-3H-2 и был локализован в интервале 67.7-76.5 cM (Рис. 1). Хотя локализация qNFNBCLS-3H-2 варьировала в различных экспериментах участок в 9 cM был определен в интервале 44.2-53.2 cM. Таким образом, QTLHarbin-3HS, находящийся в интервале 37,46-44,24 сМ и qNFNBCLS-3HS-2 в интервале 44.2-53.2 cM – идентичны или входят в состав кластера генов устойчивости. 

РФФИ № 14-04-00399  Механизмы формирования популяций новых патогенов пшеницы и ячменя в связи с расширением их ареалов. Руководитель д.б.н.  Мироненко Н.В. 

По результатам проекта сделаны следующие выводы: 

• Впервые выявлены и идентифицированы на территории РФ в Краснодарском крае и Приморье spot-форма Pyrenophora teres – P. teres f. maculatа и на территории Краснодарского края и Архангельской обл. Ramularia collo-cygni, которые являются новыми для России болезнями ячменя, по-видимому, занесенные с интродуцированными зараженными семенами из Европы.
• Для экспресс-идентификации видов патогенов разработан метод «прямой» ПЦР с геноспецифичными праймерами, без выделения грибов в чистую культуру и без выделения ДНК.
• Выявлен высокий уровень генетической изменчивости по вирулентности и SSR маркерам в популяции P. teres f. maculate, что не позволяет принять гипотезу возникновения данной популяции по механизму «бутылочного горлышка».
• Выявлены две идиоморфы локуса типа спаривания МАТ-1 и МАТ-2 в отношении 1:1, что свидетельствует о возможности полового процесса у P. teres f. maculatа в условиях Краснодарского края
• Комплексное исследование 3-х популяций P. tritici-repentis по признакам вирулентности и SSR маркерам, позволило выявить три дифференцированные географические популяции патогена на территории России: северо-западную, северокавказскую и западно-сибирскую (представлена омской популяцией).
• Методом молекулярной диагностики генов ToxA и ToxB показано, что на территории России из двух известных основных факторов патогенности P. tritici-repentis (Ptr ToxA и Ptr ToxB) в природных популяциях присутствует только Ptr ToxA. Ген ToxB, детерминирующий синтез токсина PtrToxB, вызывающего хлороз, не был обнаружен в российских изолятах.
• В некоторых изолятах P. tritici-repentis, не имеющих гена ToxA, обнаружены низкомолекулярные фитотоксины, мимикрирующие действие белкового токсина Ptr ToxA.
• Изучена роль генотипа растения-хозяина в формировании популяции патогена. 
•  Получены свидетельства о генетической специализации гриба P. teres f.teres к новым растениям-хозяевам (пшенице и тритикале) в условиях северо-запада РФ.

 ДОСТИЖЕНИЯ ПОСЛЕДНИХ ЛЕТ

Научные результаты: 

• Многолетние исследования позволили выявить особенности микроэволюционных процессов в популяциях гемибиотрофных патогенов ячменя: расообразовательные процессы связанные с рекомбинационными процессами, направление естественного отбора под влиянием генотипов растений-хозяев, распределение популяций P. teres f. teres, P. teres f. maculata, P. tritici-repentis и C. sativus в пространстве и во времени.
• Создан международный набор сортов-дифференциаторов ячменя для анализа популяций возбудителя сетчатой пятнистости, который решением международной конференции по пятнистостям ячменя (Эдмонтон, Канада, 2006) принят к использованию на разных континентах.
• Разработан комплекс методов исследования патосистемы пшеница - Pyrenophora tritici-repentis. Определена структура популяций возбудителя желтой пятнистости пшеницы по вирулентности и молекулярным маркерам, определены ареалы популяций патогена на европейской территории  РФ и Западной Сибири, направление изменчивости  по признаку вирулентности и образованию токсинов, начаты исследования экспрессии генаToxA в растении на разных этапах развития болезни.
• Созданы коллекции источников и доноров устойчивости ячменя, пшеницы и картофеля к болезням.
• Разработана биотехнология создания исходного материала для селекции: создание дигаплоидных линий ячменя с различными генами устойчивости к гемибиотрофным патогенам
• Созданы  картирующие популяции ячменя для картирования генов устойчивости;
• Проведено молекулярное картирование новых генов и QTL, детерминирующих устойчивость к  P. teres f. teres P. teres f. maculata,  Cochliobolus sativus.
• Проведено ассоциативное картирование (GWAS) генетических детерминант устойчивости к возбудителям сетчатой и темно-бурой пятнистостей в наборе из 450 образцов Hordeum vulgare из центров генетического разнообразия ячменя
• Выявлено 254 существенных ассоциаций маркер – признак устойчивости к Pyrenophora teres f. teres, относящихся к 15 различным локусам на хромосомах ячменя - 3Н, 4Н, 5Н, 6Н и 7Н. Из них пять QTL выявлены нами впервые.
• Идентифицировано 6 QTL достоверно ассоциированных с устойчивостью к C. sativus и 7 надежных маркер-признак устойчивости ассоциаций на хромосомах 1Н, 2Н, 3Н, 4Н, 5Н и 7Н. 6 идентифицированных нами локусов, контролирующих устойчивость к C. sativus были выявлены ранее, остальные 7 QTLs на хромосомах 2Н идентифицированы нами впервые.
• Изучено наследование признака авирулентности в мейотическом потомстве у фитопатогенных грибов Pyrenophora teres и Cochliobolus sativus.
• Определен  характер взаимоотношений между генами устойчивости и авирулентности в двух патосистемах: Hordeum vulgare-Pyrenophora teres f. teres и Triticum aestivum- Cochliobolus sativus. Доказаны взаимоотношения генов по Флору (ген-на-ген).
• Изучено распространение гена ToxA, кодирующего синтез токсина некроза - основного фактора патогенности P. tritici-repentis - в географически отдаленных популяциях патогена.
• Выявлены новые для России патогены ячменя: Ramularia collo-cygni,  Pyrenophora teres f. maculata и новый хозяин - пшеница для P. teres f. teres.
• Изданы каталоги устойчивых к болезням образцов ячменя (совместно с ВИР им. Н.И. Вавилова) в 1981, 1989, 1996, 2013.
• Каталог мировой коллекции ВИР. Вып. 726. Озимая мягкая пшеница. СПб. 2000. Исходный материал для селекции на устойчивость к болезням в различных регионах России. 95 с.
• Устойчивость видов  Triticum L. и Aegilops L. из коллекции ВИР к возбудителям желтой и темно-бурой листовых пятнистостей      
• Устойчивость видов  Triticum L. и Aegilops L. из коллекции ВИР к возбудителям желтой и темно-бурой листовых пятнистостей (каталог). СПб. 2007. 60 с.
• Генофонд устойчивости староместных пшениц  к бурой ржавчине, желтой и темно-бурой пятнистости, 2013.  
• Каталог. Устойчивость образцов озимой мягкой пшеницы из коллекции генетических ресурсов растений ВИР к стеблевой ржавчине (Puccinia graminis f. sp. tritici). 2018. 112с
• Каталог государственных коллекций полезных и вредных организмов, 2001.

Сотрудничество с другими научно-исследовательскими учреждениями РАН: 

• ФГБНУ Федеральный исследовательский центр Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова (ВИР). По оценке устойчивости коллекционного материала зерновых культур и картофеля к болезням и разработке MAS для селекции ячменя, пшеницы и картофеля на устойчивость к болезням, ассоциативному картированию генов устойчивости ячменя к пятнистостям.
• ИЦиГ по молекулярно-генетическим механизмам взаимоотношений в системе картофель- нематодные, оомицетные и вироидные болезни.
• КНИИСХ,  СибНИИСХ по созданию исходного материала для селекции сортов пшеницы устойчивых  к стеблевой ржавчине и пятнистостям; по выявлению эффективных генов устойчивости против угандийской расы стеблевой ржавчины.
• ФИЦ «Немчиновка», ФГБНУ «НИИСХ Юго-Востока», «Омский аграрный научный центр»: Работы по маркер ориентированной селекции на устойчивость к стеблевой ржавчине

Международное сотрудничество: 

Осуществляется многолетнее сотрудничество с институтом изучения устойчивости и толерантности к стрессам Федерального центра по изучению культивируемых растений Германии (JKI Federal Research Centre for Cultivated Plants) по изучению генетического разнообразия ячменя к возбудителям пятнистостей листьев, межорганизменной генетике патосистем ячмень - гемибиотрофные патогены,  картированию генов устойчивости и созданию международного набора сортов-дифференциаторов для анализа популяций Pyrenophora teres Drechs. 

Сотрудничество с: 

Institute of Vegetable and Floriculture Science (NIVFS), National Agriculture and Food Research Organization NARO, Япония по изучению молекулярно-генетических механизмов взаимоотношений в патосистеме Solanum spp. - вироид веретеновидности клубней картофеля (PSTVd) и особенностей эпидемиологии болезни. 

НПЦ по земледелию НАН Беларуси (Жодино) по  разработке маркер ориентированной селекции на устойчивость к возбудителю сетчатой пятнистости ячменя.  

ОСНАЩЕНИЕ 

Оборудование:

Лаборатория оснащена современным оборудованием для исследований различными методами: классическими фитопатологическими (заражение растений фитопатогенными грибами) и микологическими (работа с чистыми культурами, световая микроскопия), и молекулярно-генетическими. Лаборатория использует также оборудование институтского ЦКП ИТЗР : 

• Термоциклер для амплификации нуклеиновых кислот в режиме реального времени в комплекте CFX, Bio-Rad;
• Система документирования гелей ChemiDoc XRS PLUS, Bio-Rad;
• Анализатор генетический (секвенатор ДНК) 3500 Genetic Analyzer, Applied Biosystems.
• Электронный микроскоп
• Микроскоп DM2500 с фотокамерой DFC320, Leica;
• Климатические камеры КС-200, СКТБ и KBW 400, Binder;
• Термоциклеры С1000, Bio-Rad "My Cycler"; оборудование для горизонтального и вертикального электрофореза. 

Основные методы: 

• ПЦР - с видоспецифичными праймерами;
• ОТ-ПЦР - полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией
• ОТ-ПЦР-RT - полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией в реальном времени;
• BIO-ПЦР-RT – культивирование микроорганизмов на полуселективной питательной среде с последующей амплификацией с видоспецифичными праймерами в реальном времени;
• Секвенирование продуктов амплификации
• Рестрикция ДНК
• Электрофоретическое разделение ДНК фрагментов в агарозных и полиакриламидных гелях
• ИФА - иммуноферментный анализ;
• Традиционные микологические методы (посев на питательные среды и микроскопический анализ);
• Традиционные фитопатологические методы (инокуляция растений в лабораторных условиях);
• Метод культуры пыльников ячменя