Main > Research departments > Laboratory of Mycology and Phytopathology
Laboratory of Mycology and Phytopathology

    

      Head  – Philipp B. Gannibal  

      Ph.D.

      tel.: +7 (812) 333-37-64, 

      e-mail: fgannibal@vizr.spb.ru 

      Laboratory Staff  

 

 

 

ACTIVITIES

 

Major research topics:

  • Biodiversity of micromycetes: Molecular phylogeny, systematics and evolution.
  • Mycogeography and phytosanitary monitoring: Identification of the species composition of the mycobiota of the different regions of the Russian Federation; Clarification of the current distributional ranges of the economically important fungal species; Monitoring of major dangerous species and their mycotoxins; Diagnostics of plant diseases.
  • Ecology of phytopathogenic fungi: Plant-pathogen interactions; Patterns of formation of microbial communities with fungi.
  • Methods for analyzing biodiversity of fungi and phytosanitary monitoring: Manuals for diagnostics of plant diseases and determination keys of fungi; Molecular methods for identification of some phytopathogenic and toxigenic fungal species; Molecular methods for analysis of species composition of microorganism communities; Methods for identification of virulence genes in fungi and resistance genes in plants using molecular markers.
  • Maintenance and expansion of culture collections and herbarium collections. Mycological herbarium LEP;  The VIZR collection of fungal pure cultures (WDCM 760).

Contracted research:

  • identification of phytopathogenic fungi;
  • diagnostics of diseases of growing plants and seeds;
  • conducting microbiological analysis of the plant material to reveal phytopathogenic (harmful) microorganisms and their quantification;
  • determination of infestation of cereal grains, legumes and other crops as well as their processed products by fungi from the genera Fusarium, Alternaria and others;
  • analysis of the grain and its processed products for the content of dangerous mycotoxins (such as: deoxynivalenol [DON], Т-2 toxin, zearalenone);
  • evaluation of effect of chemical substances (pesticides, wood varnishes, etc.) on growth and development of fungi and their biological qualities.
  • assessment of wheat resistance to the brown rust pathogen and identification of resistance genes using phytopathological and molecular methods;

Other activities and services:

  • training and probation works on disease diagnostics, taxonomy and identification of fungi;
  • technological support of research projects using equipment and facilities of the express-diagnostics department of the center for collective use (CCU IZR) (reference);
  • supplying stock-cultures of phytopathogenic fungi (price for one strain starting from 5 000 roubles.).

Current projects:

 Russian Science Foundation (RSF) project 14-26-00067 (2014-2016) “Polyphasic approach as a modern base for revision of biodiversity of plant pathogenic fungi”. Project manager – Gannibal Ph.B. Within the frame of the projects, mycofloristic studies have been conducted. Over 400 herbarium samples have been identified, which were collected in North Ossetia and Pskov Region. The mycological herbarium and the VIZR collection of fungal pure cultures were replenished. Intraspecific diversity of Fusarium langsethiae strains was shown in relation to their physical and biochemical characters. A taxonomic revision of all recorded from Russia fungi of the genus Alternaria has been carried out. Fifty isolates of the fungal genus Ulocladium have been identified using polyphasic approach; several strains of a likely new species have been revealed. Twenty isolates of the fungal genus Phoma from the VIZR pure culture collection have been compared based on their morphological, cultural, physiological and biochemical characters. Spectrum of biological activities has been determined for 30 extracts obtained from cultures of different phytopathogenic species of fungi.

Russian Science Foundation (RSF) project 14-16-00114 (2014-2016) “Identification of biodiversity and trophic status of the microbiota for the purposes of improving the quality and safety of feed”. Project manager – Gagkaeva T.Yu. Fodder grass samples collected in five farms of the Leningrad Region are analyzed for fungal species, content of mycotoxins and presence of DNA of toxin-producing fungi.

Russian Science Foundation (RSF) project 14-16-00072 (2014-2016) “Screening of genetic diversity of Avena L. genus to Fusarium fungi and selection of perspective resistant genotypes for creating high quality oat cultivars”. Project manager – Loskutov I.G. (N.I.Vavilov Research Institute of Plant Industry).

Russian Foundation for Basic Research (RFBR) project 14-04-00464-а (2014-2016). “Molecular genetic structure of populations of the phytopathogenic fungus Puccinia triticina in Russia”. Project manager – Gultyaeva E.I. The project is dedicated to the study of genetic diversity in populations of the phytopathogenic fungus Puccinia triticina in Russia and molecular genetic interactions in the pathosystem Puccinia triticina – Triticum aestivum. A collection has been created of DNA probes of P. triticina, methodical approaches have been tested in conducting SSR-analysis and efficiency of proposed SSR-markers has been assessed for analyzing Russian populations of the pathogen. Subsequently, the genetic structure of the Russian populations of the pest will be characterized based on complex analysis of molecular and virulence data with special focus on gene flows between them.

Russian Foundation for Basic Research (RFBR) project 14-04-32040-мол_а (2014-2015) “Metagenomic approach to study the structure and dynamics of microbiome, associated with wood debris”. Project manager – Kazartsev I.A. In the course of the project implementation, a high-throughput DNA sequencing technology of new generation (NGS) was tested for identification of fungi in woody detritus; communities of microorganisms associated with fungi – typical causal agents of white and brown rot; it has been conducted a preliminary identification of species composition of mycoconsortia causing decomposition of Pinus sylvestris and Picea abies.

 

Recently completed projects:

State contract with Ministry of Education and Science of Russian Federation (Minobrnauki) 14.518.11.7067 (2012-2013) “Development of the polyphase research line in the systematics of the economically important phytopathogenic fungi with use of the USU Mycological herbarium (LEP) of the A.A.Jaczewski Laboratory of Mycology and Phytopathology, GNU VIZR, RAAS and the State collection of the microorganisms pathogenic to plants and their pests”.

Russian Foundation for Basic Research (RFBR) project 12-04-00927-а (2012-2014) “Volatile metabolites of the toxin-producing fungi of the genus Fusarium: chemotaxonomy, their role in olfactory interactions with insects”. Project manager – Gagkaeva T.Yu. The impact of 7 Fusarium species has been studied on behavior of storage pests: rice weevil, grain weevil and lesser grain borer. Additionally, experiments have been conducted on assessment of the grain aphid capabilities of transmitting conidia of Fusarium fungi on healthy wheat plants.

Russian Foundation for Basic Research (RFBR) project 12-04-00677-а (2012-2014) “Evolution of the alternarioid hyphomycetes: mechanisms and role of genetic recombination”. Project manager – Gannibal Ph.B. The known primers are selected and new ones are designed to amplify the MAT1-locus of the genomes for different species of the genus Alternaria from 7 sections. Idiomorphs of MAT1 have been identified and thereby the type of the mating system has been revealed (homo-/ heterothallism) in 31 species pertaining to 4 genera of the alternarioid hyphomycetes. It has been established that homothallism (fusion of idiomorphs) appeared at least twice in evolution of alternarioid hyphomycetes. Number of nuclei was determined in cells of mycelium, conidia and conidia-producing cells of the some small-spored Alternaria species. Probability of development of heterocaryotic conidia has been shown to be very low. Using PCR, 124 Alternaria isolates from apple trees and tomatoes were tested for genes of host specific phytotoxins (АМ and AAL-toxins), which are located in small conditionally dispensable chromosomes transmitted horizontally. The aforesaid genes have not been detected in Russian isolates of the small-spored Alternaria species.

Russian Foundation for Basic Research (RFBR) project 12-04-00853-а (2012-2014) “Study on the role of fungal secondary metabolites on the development of communities of organisms in pyllosphere” Project manager – Berestetskiy A.O. Antimicrobial activity was revealed approximately in 20% of the 55 isolates tested of the phytopathogenic fungi from different genera of Ascomycetes. Advanced studies with use of 18 Alternaria spp. isolates and 20 Phoma spp. isolates showed that all fungal species tested were capable of producing phytotoxic compounds; the antimicrobial activity was found in 70% culture extracts of fungi from the genus Alternaria, and in 25% – from the genus Phoma.

Pregraduation practice and PhD studies:

Students of the Saint Petersburg State University, the Saint Petersburg State Agrarian University, the Saint Petersburg State Technological Institute, the Pushkin Leningrad State University and other educational institutions of Saint Petersburg pass their pre-graduate externship at the Laboratory. The Laboratory is well equipped for conducting microbiological, phytopathological, and molecular biological studies. In the course of their practice, the students will master the canonical and the state-of-the-art methods of mycological and phytopathological studies, basic statistical methods for analyzing experimental data.

 

RECENT ACHIEVEMENTS

 

Scientific results:

  • The species composition of the fungal genera Alternaria and Fusarium has been studied for the territory of the Russian Federation. Molecular identification methods have been enhanced for the fungi of the genera Alternaria and Fusarium.
  • Molecular primers and probes were adapted to quantitatively identify the toxin-producing species of the genus Fusarium in the grain.
  • Together with colleagues from the Arizona University, molecular phylogeny of the genus Alternaria has been reconstructed, with eight sections newly described.
  • Some species of fungi are described as new for science: Fusarium ussurianum Aoki, Gagkaeva, Yli-Mattila, Kistler, O’Donnell (2009) and F. sibiricum Gagkaeva, Burkin, Kononenko, Gavrilova, O’Donnell, Aoki et Yli-Mattila (2011), Alternaria simmonsii Gannibal (2010), and A. silybi Gannibal (2010).
  • For the first time, the following fungal species were recorded from the territory of Russia: Fusarium cerealis (Cooke) Sacc., F. torulosum (Berk. and M. A. Curtis) Nirenberg, F. nygamai L.W. Burgess & Trimboli, F. vorosii B. T?th, Varga, Starkey, O'Donnell, H. Suga & T. Aoki, Alternaria cucumerina (Ellis & Everh.) J.A. Elliott.
  • Potentials are revealed for the use of the phytopathogenic fungi to control perennial weeds (thistle, sowthistle, bell vine), narcotic plant species (poppy and hemp) and hogweed. Laboratory patterns of the preparations have been developed.

Invention patents:

  • Strain 1.40 (VIZR) of the fungus Phoma complanata (Tode) Desm., this strain possesses mycoherbicide activity against the Sosnowsky's hogweed (№2439141), Gasich E.L. et al., 10.01.2012;.
  • Strain 1/39 of Dendryphion penicillatum (Corda) Fr., having mycoherbicide activity against the opium poppy (№2377774), Gasich E.L. et al.,10.01.2010.

Awards:

  • RAAS Diploma for the best complete research project in 2009 “Molecular approaches to the identification of the resistance genes to brown rust in Russian wheat varieties”.
  • RAAS Diploma for the best complete research project in 2012 “Leaf diseases of wheat, methods for studying their pathogen populations and for identification of resistance genes to brown rust and yellow leaf spot”

 

EQUIPMENT AND FACILITIES

 

Equipment:

The lab is equipped with the state-of-the-art tools necessary for using various research methods: classical mycological techniques (work with pure culture, light microscopy), phytopathological methods  (inoculation of plants with phytopathogens) and molecular-genetic methods (real-time PCR, DNA sequencing). The Lab’s equipment constitutes a part of the core shared facilities of the express-diagnostics department of the center for collective use (CCU IZR). Apart from the general-purpose instruments there are the following equipment units available at the Lab:

  •  Microscopes (Leica, Karl Zeiss, LOMO);
  •  Climate chambers KS-200 (SKTB) and KBW 400 (Binder);
  •  Thermocyclers ?1000, S1000 (Bio-Rad);
  •  Thermocycler for real-time DNA amplification CFX96 (Bio-Rad);
  •  Gel documentation system ChemiDoc XRS PLUS (Bio-Rad);
  •  Genetic analyzer (DNA sequencer) ABI Prism 3500 (Applied Biosystems);
  •  Mixer Mill ?? 400 (Retsch).

Main methods:

  •  conventional mycological methods (inoculation on nutrient media and microscopic analysis);
  •  conventional phytopathological methods (in vitro plant inoculation);
  •  PCR – polymerase chain reaction with species-specific primers;
  • Real-time-PCR (quantitative PCR) – real time polymerase chain reaction;
  •  DNA sequencing;
  •  DNA cloning in Escherichia coli;
  • ELISA – enzyme-linked immunosorbent assay;

 
Услуги института
Анализы
Консультации, услуги
Разработки, патенты
Услуги по НИР
Наработка и обеспечение энтомофагами и биоматериалами
Проведение семинаров, школ и курсов повышения квалификации
Консультации по защите растений
(812) 470-51-10

Анализ сезонной информации о фитосанитарной обстановке

Вестник защиты растений
Справочник пестицидов 2024
Агроатлас

Почва

проведение микробиологического анализа почвы (на присутствие фитопатогенных (вредных) микроорганизмов и их количественный учет);

определение остаточных количеств пестицидов в почве;

Диагностика рака картофеля в почвенных образцах: Выезд и отбор проб для определения зараженности почвы карантинными болезнями картофеля;

Диагностика золотистой картофельной нематоды в почвенных образцах;

Идентификация фитопатогенных грибов, грибоподобных организмов, нематод, вредных и полезных насекомых, с помощью световой микроскопии;

Растительный материал

Проведение микробиологического анализа растительного материала (на присутствие фитопатогенных(вредных) микроорганизмов и их количественный учет)

Фитоэкспертиза растительного материала

Диагностика и определение степени зараженности картофеля болезнями в хранилище

Молекулярная диагностика возбудителей рака картофеля в растении

Диагностика золотистой картофельной нематоды в растительном материале

Идентификация фитопатогенных грибов, грибоподобных организмов, нематод, вредных и полезных насекомых, с помощью световой микроскопии;

Выявление фитопатогенных микроорганизмов в растительной ткани с помощью ПЦР с видоспецифичными праймерами;

Количественное определение токсинпродуцирующих грибов (Fusarium spp. и др.) в растительной ткани методом ПЦР в реальном времени;

Зерно и продукты переработки

Определение микологической и бактериальной зараженности хранящегося зерна злаковых и бобовых культур, а также продуктов их переработки в зернохранилищах промышленного типа и приспособленных в хозяйствах разных форм собственности

Анализ на содержание опасных микотоксинов в зерне и продуктах его переработки

Фитоэкспертиза семенного материала

Определение вредных насекомых в зерне и продуктах его переработки

Анализ на содержание семян сорных растений в семенном материале, кормах (зерноокорм)

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Пестициды (биологические и химические)

Комплекс аналитических исследований по определению качества препаратов, их соответствия ТУ завода - изготовителя

Испытание средств механизации

Испытание распылительных насадок для внесения средств защиты растений

Аналитика, прогнозы

Консультации о развитии и распространении доминантных видов вредных организмов с учетом агрометеорологических данных с прогнозом численности и вредоносности и рекомендациями по проведению защитных мероприятий

Услуги по определению доминантных видов вредителей по имаго и повреждениям растений (визуально и с помощью инструментальных методов):

на зерновых культурах – вредная черепашка, австрийский клоп, маврский клоп, элии, злаковые тли, красногрудая пьявица, ячменная и овсяная шведские мухи, гессенская муха, обыкновенный и черный хлебные пилильщики, хлебная жужелица, хлебные жуки (жук-кузька, жук-красуля, жук-крестоносец), обыкновенная и восклицательная зерновые совки, цикадки;

на кукурузе – кукурузный мотылек, хлопковая и озимая совка, тли, цикадки; крестоцветные культуры – весенняя и летняя капустные мухи, крестоцветные блошки, капустная моль, капустная и репная белянки, капустная тля, капустная совка, капустный скрытнохоботник;

на картофеле – колорадский жук, картофельная коровка, картофельная моль, тли.

Составление технологических карт хозяйств

Диагностика вредителей, болезней и сорняков

Консультативная и методическая помощь специалистам по защите растений и агрономам по защите зерновых, овощных культур и картофеля

Фитосанитарный мониторинг

Услуги систематического мониторинга сельскохозяйственных угодий в целях прогнозирования фитосанитарной ситуации (на каждом конкретном поле) для установления экономической целесообразности проведения химической борьбы с вредными организмами или отмены химических обработок

Услуги дистанционного гиперспектрального фитосанитарного зондирования агроландшафтов и агроэкосистем

Оценка фитосанитарного состояния посевов и посадок сельскохозяйственных культур

Диагностика и мониторинг болезней картофеля в полевых условиях

Биоценологическая оценка применяемых методов и средств защиты растений в хозяйствах

Разработка критериев и системы принятия решений о проведении защитных мероприятий для конкретного объекта и хозяйства

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Определение потерь урожая от комплекса вредных видов для конкретного хозяйства

Разработка систем и технологий защиты полевых культур от комплекса вредных видов для конкретного хозяйства

Услуги по разработке и внедрению интегрированной экологически малоопасной системы защиты цветочных, декоративных и овощных культур от вредителей и возбудителей болезней в теплицах

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

2Определение опасных фитофагов и мерам борьбы с вредителями на различных с.х. культурах.

Биологическая защита

Консультации по вопросам, связанным с использованием биопрепаратов против вредных насекомых

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Консультации по вопросам биологических методов подавления адвентивной сорной растительности

Услуги по разработке зональных систем биологизированной защиты зерновых колосовых, овощных культур, кукурузы и сои от доминантных вредителей с антирезистентной направленностью

Услуги по разработке агротехнологии беспестицидной защиты зерновых колосовых культур от вредной черепашки и других хлебных клопов на основе расширенного воспроизводства энтомофагов и их дополнительного хозяина в природных экосистемах

Услуги по разработке и внедрению экологизированной системы защиты сада

Услуги по разработке и внедрению экологизированной системы защиты овощных культур

Услуги по подбору ассортимента микробиологических препаратов для защиты сельскохозяйственных культур от фитопатогенов, включая возможность их интеграции с химическими и другими средствами защиты растений

Оказание консультационных услуг по применению феромонных материалов в защите растений

Услуги биологического контроля вредителей культур защищенного и открытого грунта с элементами применения энтомофагов

2Оказание консультационных услуг по вопросам производства энтомофагов

Химическая защита

Разработка систем и технологий защиты полевых культур от комплекса вредных видов

Услуги по оптимизации ассортимента средств борьбы с сорной растительностью в конкретных условиях ведения с.х. производства

Услуги по определению резистентности у насекомых, возбудителей заболеваний, сорных трав к пестицидам

Услуги по разработке технологий повышения продуктивности и качества основных с.х. культур: озимая пшеница, подсолнечник, сахарная свекла с использованием композиций сниженных доз химических средств защиты растений, регуляторов роста и иммуностимуляторов

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Услуги диагностики и выполнение работ по снижению негативного воздействия и последствия гербицидов на чувствительные с.х. культуры

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Консультационные услуги по подбору пестицидов исходя из их эффективности к имеющимся в хозяйстве вредным объектам.

Консультации по применению пестицидов на посевах основных с.х. культур

Другое:

Сорта и гибриды

Услуги по подбору и рекомендации по закупке сортов и гибридов по их устойчивости к болезням, вредителям и пестицидам

Услуги подбора оптимальных сортов сельскохозяйственных культур для выращивания по экологически малоопасным технологиям;

Испытания и регистрация

Изучение последействия гербицидов на последующие культуры севооборота

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Оценка активности, спектра действия новых гербицидов и степени устойчивости к ним с.х. культур

Оценка активности, спектра действия новых фунгицидов и степени устойчивости к ним возбудителей заболеваний с.х. культур

Оценка активности, спектра действия новых инсектицидов и степени устойчивости к ним возбудителей заболеваний с.х. культур

Оценка микроорганизмов на фитотоксичность и патогенность к различным сельскохозяйственным культурам

Проведение регистрационных испытаний фунгицидов, инсектицидов, гербицидов, родентицидов, регуляторов роста растений и иммуностимуляторов

Демонстрационные испытания пестицидов

Испытания феромонных ловушек

Инновационные технологии производства и применения малоопасных биопестицидов биогенного происхождения

Изготовление образцов технических средств опрыскивания и протравливания семенного материала, диагностики и фитосанитарного мониторинга

Разработка технологий фитобиоремедиации почв, загрязненных углеводородами

Разработка технологий лабораторного производства биопрепаратов

Патент «Способ биологической защиты тепличных культур от тлей»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости злаков к насекомым, повреждающим зерно»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения поврежденности зерна и муки пшеницы вредителями»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости кукурузы к стеблевому мотыльку»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости кукурузы к грызущим вредителям»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости пшеницы к вредной черепашке»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости капусты к капустным мухам»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ сортовой идентификации пшеницы»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости кукурузы к вредителям»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости злаков к вредной черепашке»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости злаков к вредной черепашке»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости капусты к капустной тле»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ оценки скороспелости генотипов кукурузы»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ идентификации ингибиторов гидролаз»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости ячменя к Oscinella pusilla Meig.»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ оценки устойчивости риса к прибрежной мухе»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ диагностики физиологической устойчивости кукурузы к шведской мухе»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ диагностики поврежденности зерна пшеницы сосущими вредителями»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости растений огурца к тепличной белокрылке и паутинному клещу»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Патент «Способ определения устойчивости растений огурца к паутинному клещу»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Электронный справочник «Сорные растения вашего хозяйства и меры борьбы с ними в разных культурах»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Справочник гербария «Сорные растения вашего хозяйства на разных стадиях развития»

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Определение совместимости микробиологических препаратов, в т.ч. с химическими и другими средствами защиты растений, с целью применения их в сложных композиционных составов для протравливания семян и обработки вегетирующих растений от комплекса вредителей и болезней»

Консультации по рациональному размещению полевых и многолетних культур в зависимости от типовых особенностей почвенного покрова агроландшафтов.

Выделение, идентификация, скрининг, селекция

Характеристика популяций возбудителей болезней по различным маркерам (вирулентность, ДНК – полиморфизм, резистентность к фунгицидам и др.)

Устойчивость сортов и образцов ячменя к возбудителям:

Сетчатой пятнистости

Темно-бурой пятнистости

Оценка устойчивости сортов и образцов пшеницы к возбудителям

Желтой пятнистости

Темно-бурой пятнистости

Стеблевой ржавчине

Оценка устойчивости сортов и образцов картофеля к фитофторозу

Оценка устойчивости сортов и образцов картофеля к карантинным объектам:

Предварительная оценка сортов и образцов картофеля на устойчивость к раку картофеля

Предварительная оценка сортов и образцов картофеля на устойчивость к золотистой картофельной нематоде

Создание дигаплоидных линий ячменя методом культуры пыльников

Определение в сортах, коллекционных образцах и селекционном материале пшеницы известных генов устойчивости к возбудителям бурой и стеблевой ржавчины методами ПЦР со специфическими праймерами

Изучение генофонда устойчивости растения – хозяина (типы устойчивости, генетика устойчивости сортообразцов, источники устойчивости, в т.ч. групповой) на искусственных инфекционных фонах и приемов сохранения и продления устойчивости

Источники устойчивости сельскохозяйственных культур к комплексу болезней

Поиск сортообразцов различных с.х.культур, устойчивых к болезням и вредителям

Демонстрационные испытания сортов и гибридов

Услуги по оценке на устойчивость к вредителям (полевыми и лабораторными методами) сортов, гибридов сельскохозяйственных культур, коллекционного и селекционного материала для совершенствования селекционных программ и для включения в зональные системы интегрированной защиты:

- для зерновых культур – к шведским мухам, к гессенской мухе, вредной черепашке, злаковым тлям, красногрудой пьявице, хлебным пилильщикам;

- для картофеля и других пасленовых культур – к колорадскому жуку, к картофельной коровке, к картофельной моли;

- для капусты и крестоцветных корнеплодов – к комплексу вредителей (капустные мухи, крестоцветные блошки, капустная моль, репная и капустная белянки, капустная тля);

моркови – к морковной мухе и морковной листоблошке;

- для огурца – к паутинному клещу, табачному трипсу, бахчевой тле и тепличной белокрылке в защищенном грунте;

- для черной смородины – к смородиновому почковому клещу и реверсии

фотосъемка биологических объектов

Электронная микроскопия:

Без напыления

Заморозка

Влажная камера

С напылением

Идентификация фитопатогенных грибов, Грибоподобных организмов, нематод, вредных и полезных насекомых, с помощью световой микроскопии

Экстракция тотальной ДНК из природных образцов

Амплификация и клонирование таксономически значимых участков рибосомального оперона (гены субъединиц хромосомы, межгенные области)

Определение нуклеотидных последовательностей (секвенирование) ДНК

Таксономический, филогенетический и кластерный анализ нуклеотидных последовательностей ДНК

Предоставление эталонных культур фитопатогенных грибов для целей видовой идентификации

Количественное определение токсинпродуцирующих грибов (Fusarium spp. и др.) в растительной ткани методом ПЦР в реальном времени;

Приготовление стандартных растворов ДНК видов Fusarium и Alternaria для количественной ПЦР в реальном времени

Определение биологической активности (фитотоксической, антибиотической, фунгицидной, инсектицидной, зоотоксической) экстрактов из микроорганизмов и их метаболитов (индивидуальных соединений);

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Выявление степени контаминации зерна микотоксинами (дезоксиниваленол, Т-2 токсин, зеараленон) методом ИФА

Выявление способности грибов рода Fusarium продуцировать микотоксины (дезоксиниваленол, Т-2 токсин) методом ИФА

Идентификация генов устойчивости пшеницы к бурой ржавчине с использованием ДНК-маркеров

Качественный и количественный анализ многокомпонентных смесей методом высокоэффективной тонкослойной хроматографии

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Аналитическое и препаративное разделение сложных смесей химических соединений с помощью жидкостной хроматографии

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Препаративное выделение биологически активных соединений микроорганизмов и их первичная идентификация

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Разработка методов анализа биологически активных соединений микроорганизмов при помощи тонкослойной и высокоэффективной жидкостной хроматографии

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Определение биологической активности (фитотоксической, антибиотической, фунгицидной, инсектицидной, зоотоксической) экстрактов из микроорганизмов и их метаболитов (индивидуальных соединений)

Разработка методов анализа биологически активных соединений микроорганизмов при помощи тонкослойной и высокоэффективной жидкостной хромотографии

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Проведение хемотаксономических исследований на основ сравнения метаболитных профилей микроорганизмов

Экстракция ДНК и РНК различных микроорганизмов

Клонирование полноразмерных копий генов и их фрагментов

Синтез безинтронной копии гена в виде кДНК с последующей ПЦР-амплификацией и клонированием белок-кодирующей последовательности

Создание молекулярно-генетических конструкций и подбор условий для экспрессии и наработки рекомбинантных белков в бактериях E.coli и метилотрофных дрожжах P.pastoris

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Подбор условий эффективной экспрессии и наработки рекомбинантных продуктов в гетерологичных системах

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Подбор системы и оптимизация условий экспрессии для получения целевого белка в активном, растворимом состоянии

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Разработка схем выделения и очистки рекомбинантных продуктов

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Получение поликлональных антител к антигенам заказчика в мышах и кроликах с последующей иммуноаффинной очисткой специфических иммуноглобулинов

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Иммунохимический анализ белков с помощью методов иммуноблотинга и иммунофлюоресцентной микроскопии

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Иммобилизация белков, включая антитела, на BrCN-активированной сефарозе

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Разработка индивидуальных схем очиски белков с помощью методов хроматографии и препаративного гель – электрофореза

Подбор олигонуклеотидных праймеров заданной специфичности дл ПЦР

Анализ содержания общего белка и отдельных белковых фракций (включая концентрирование) с помощью колориметрических и электрофоретических методов

Выявление энтомопатогенных микроорганизмов с помощью ПЦР с высокоспецифическими праймерами

Обеспечение энтомофагами с.х. предприятий

Обеспечение стартовыми и маточными популяциями энтомофагов из государственной коллекции, поддерживающейся в институте

Наработка биоматериала при помощи твердофазной и жидкофазной ферментации для выделения и анализа метаболитов микроорганизмов

Разработка методов получения инфекционного материала и его хранения с целью создания искусственного инфекционного фона или микогербицидов

Проведение научных конференций, практических семинаров по болезням, вредителям и сорным травам по различным сельхозкультурам

Проведения курсов повышения квалификации для агрономов по защите

Проведение стажировок по современным методам идентификации грибов и диагностики болезней растений;

Проведение стажировки «Использование молекулярных маркеров для оценки генетического разнообразия мягкой пшеницы по устойчивости к бурой и стеблевой ржавчинам и полиморфизма популяций гриба Puccinia triticina»;

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Проведение стажировки «Современные методы исследований иммунитета растений к болезням».

Школа по молекулярной диагностике генетических детерминант устойчивости зерновых культур к болезням

Школа по диагностике, мониторингу и СЗР от сорных трав

  • Лаборатории, предоставляющие данную услугу

Школа по современным методам фитосанитарного мониторинга и прогноза
Министерство науки и высшего образования Российской ФедерацииМинистерство науки и высшего образования Российской Федерации Министерство сельского хозяйстваМинистерство сельского хозяйства Российская Академия НаукРоссийская Академия Наук IAPPS - International Association for Plant Protection SciencesIAPPS - International Association for Plant Protection Sciences IOBC - International Organisation for Biological and Integrated ControlIOBC - International Organisation for Biological and Integrated Control РНФРНФ РФФИРФФИ Web of ScienceWeb of Science SpringerSpringer ElsevierElsevier ProQuestProQuest e-librarye-library Тюменский государственный университетТюменский государственный университет Политехнический институтПолитехнический институт Санкт-Петербургский государственный университетСанкт-Петербургский государственный университет